1、 办公室（副局级）
2、 总工程师办公室（副局级）
3、 规划计划局（副局级）
4、 水资源局（副局级）
5、 水政与安全监督局（水政监察总队）（副局级）
6、 财务局（副局级）
7、 人事劳动局（副局级）
8、 国际合作与科技局（副局级）
9、 建设与管理局(副局级)
10、河道采砂管理局（副局级）
11、水土保持局（农村水利局）（副局级）
12、防汛抗旱办公室（三峡水库管理局）（水库联合调度管理局）（副局级）
13、审计局（副局级）
14、离退休职工管理局（副局级）
15、直属机关党委（副局级）
16、长江工会（中国农林水利气象工会长江委员会）（副局级）
二、 单列机构长江流域水资源保护局（正局级）
三、 事业单位1、 水文局（正局级）
2、 长江科学院（正局级）
3、 水利部中国科学院水工程生态研究所（正局级）
4、 陆水试验枢纽管理局（正局级）
5、 长江勘测技术研究所（副局级）
6、 长江工程建设局（副局级）
7、 澜湄水资源合作中心（副局级）
8、 综合管理中心（副局级）
9、 网络与信息中心（长江档案馆）（副局级）
10、宣传出版中心（副局级）
11、人才资源开发中心（副局级）
12、机关服务中心（局）（副局级）
13、长江医院（血吸虫病防治监测中心）（副局级）
14、长江流域水土保持监测中心站（正处级）
四、 企业1、 长江水利水电开发总公司（湖北）
2、 长江勘测规划设计研究院
3、 汉江水利水电（集团）有限责任公司（丹江口水利枢纽管理局）
4、 南水北调中线水源有限责任公司
